鹿苑寺现址原为镰仓时代西园寺家所拥有的宅邸，为藤原公经（后改名西园寺公经）所建，曾经荣华一时，但在历经多代之后因为缺乏整理而倾圮。应永元年（1394年）足利义满以位于河内国的领地与西园寺家交换获得这块当时称为“北山第”的山庄，开始大兴土木整理改建。隔年他卸下征夷大将军职位让渡给其子足利义持并出家入道，只保留太政大臣的头衔督政，应永四年（1397年）他将北山第改名为“北山殿”，并且以舍利殿作为自己修禅的场所。
由于义满将舍利殿修筑得金碧辉煌，当时的人就已称其为“金阁殿”。义满死后，其子遵照他的遗愿，劝请梦窗国师开山，将北山殿由宅邸用途改为禅寺，并以义满的法号命名为鹿苑寺，山号则为“北山”。
在之后的应仁之乱中，鹿苑寺境内大部分的建筑物都遭到焚毁，只有主建物舍利殿得幸免，成为北山文化唯一的建筑遗址，因而被日本政府在战前就列为国宝。
然而很不幸的，在昭和25年（1950年）时，舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火自焚而完全烧毁，连放在殿中供奉的国宝、足利义满像也一同化为灰烬。日本名作家三岛由纪夫的同名小说“金阁寺”与水上勉的“五番町夕雾楼”都是以此事件为背景题材著成。
今日我们所看到的舍利殿是昭和30年（1955年）时依照原样重新修复建造的，昭和62年（1987年）全殿外壁的金箔装饰皆全面换新，成为目前的状态。